水族箱里新诞生了4条小鱼，其中有哈罗德的女儿伊莎贝尔。伊莎贝尔身上长着难看的斑点，还缺了些鳞片，长相遭到鱼群其他成员嘲笑。鱼群首领瑟斯顿要求哈罗德把伊莎贝尔藏起来，不然被人类发现，就会把它们都丢进大海。但贪玩的伊莎贝尔还是被人类发现了，她和哈罗德一同被抛入茫茫大海。海上突然掀起巨大风浪，水族箱里的鱼都掉进了海里，伊莎贝尔和哈罗德就此失散。伊莎贝尔偶遇了艾普尔，还结识了一群长相奇特的鱼，它们都因外表有缺陷而被同族排挤。在艾普尔的带领下，伊莎贝尔和其他鱼打算穿越火山，前往珊瑚礁寻找哈罗德。另一边，哈罗德在海黄瓜卡尔的陪伴下四处寻找女儿却无果，伤心至极，只好随鱼群离开。成功穿越火山的伊莎贝尔在珊瑚礁与哈罗德重逢，更让父女俩惊喜的是，珊瑚礁女王现身了，原来女王就是伊莎贝尔的妈妈。一家人终于欢聚一堂。