《红色派系：起源》的故事将延续游戏的背景和人物设定：自亚历克·梅森（Alec Mason）带领火星殖民地重获自由已过去25年，而他的妻子被杀、女儿莱拉（Lyra）被绑架也已过去12年，从那时起，亚历克就成了一位心灰意冷的英雄。他仅存的儿子杰克·梅森（Jake Mason）如今已成为红色派系民兵（Red Faction Militia）的军官。当他发现12年前被绑架的妹妹至今仍活着时，他的世界彻底被颠覆了。 尽管新的敌人不断涌入火星，杰克依旧决定去寻找妹妹。然而，他却发现莱拉如今已成为敌对势力的一员，是一名冷血战士，发誓要摧毁红色派系（Red Faction）。凯特·弗农（Kate Vernon）将饰演入侵者的首领——女族长（The Matriarch）。