1991年6月29日（周六）于东宝系影院公开发行的作品。故事设定在TV版最后一集的三年之后。从TV版延续出演的仅有娜迪娅、让、格兰蒂斯、桑松和汉森五人，玛丽、金、艾顿、艾丽克特拉等鹦鹉螺号船员除了娜迪娅的回忆场景外均未登场。这一回忆场景在电影开场时断断续续持续了约30分钟，画面采用了TV版的内容。TV版最后一集中出现的艾丽克特拉和尼莫船长的孩子也未现身。 最初这部作品计划由Gainax制作，但导演庵野秀明称在TV版制作中精力耗尽而未接手。在完成了剧情和角色设计后，Gainax用光了预算仍未能完成制作，剩余部分由Group TAC接手完成。Gainax除了负责剧情和设计外，仅承担了剧中TV版片段的剪辑工作。