Lady Kahn妄图构建一个由超能力者统治的千年王国。联邦军情报局长官Yamaki为了调查此事，向超级战士Rock寻求协助。与此同时，为了打倒Rock，Kahn将一位名叫Jessica的少女培养成特殊的超能力杀手，并抹去其记忆，让她接近Yamaki。原来，Jessica潜藏着中和超能力并分解超能力者的能力。而Yamaki和Jessica在浑然不知被操纵的情况下，彼此相互吸引。最终，Rock和Jessica迎来了相遇的时刻。这部作品是人气科幻漫画《超人Rock》之“魔女的世纪”篇的剧场版动画。