在忍之谷附近的一个山洞，有人发现不明物体似乎在向某个地方传达讯息。另一边，在疾风流忍术学校忍风馆，馆长日向无限斋为应对五百年一次的忍术比试，开始教导学员们。突然发生地震，结界被破坏，宇宙忍群邪暗者出现，将所有疾风流学员杀害。所幸无限斋的女儿胧救出了残存的三名学员鹰介、七海和吼太，并任命他们成为传说中的继承人破里剑者。 邪暗者为了得到“那个”，破里剑者则要阻止他们。战斗期间，出现了两名神秘战士，他们自称轰雷者，原来是另一派迅雷流生还的霞兄弟，但他们憎恨疾风流，与破里剑者为敌。为了达到和邪暗者相同的目的，他们不断刁难破里剑者。后来他们因被利用而愤愤不平，在得到鹰介三人的体谅后，最终两大流派联手对付邪暗者，并成功消灭了其中一名宇宙忍者。 五位忍者战士被一名中忍击中，生命危在旦夕，就在接近死亡边缘时，身份不明的绿之光弹手里剑者及时出现救活了他们，而他的出现也引出了他的主人宇宙……