进入明治时代后，曾经的“刽子手拔刀斋”绯村剑心（佐藤健 饰）已适应神谷道场的平静生活。某天，倒幕战争时期的旧友、号称维新三杰之一的大久保利通（宫泽和史 饰）将他请去。原来，继承了剑心刽子手身份的志志雄真实（藤原龙也 饰）当年遭新政府背叛，侥幸存活的他正暗中筹备称霸日本的恐怖计划。大久保去世后，剑心深感自己责任重大，于是独自踏上征程。途中，他不仅邂逅了京都女忍卷町操（土屋太凤 饰），还在新月村与志志雄首次交锋。与此同时，相乐左之助（青木崇高 饰）、神谷薫（武井咲 饰）、明神弥彦（大八木凯斗 饰）、斋藤一（江口洋介 饰）也陆续前往京都。这个阴云笼罩的时代，正酝酿着一场席卷全国的风暴…… 本片改编自和月伸宏的经典漫画原作。