在茫茫宇宙中，雷普莉所在的飞船未能返回地球。中途飞船突发意外，低温休眠舱在母船爆炸前脱离，坠落在一个阴冷黑暗的星球。除雷普莉外，其他船员全部丧生，残破的“主教”被丢进垃圾场。雷普莉在医生的救治下恢复健康，从医生处得知这里是费欧娜“复仇女神”161号行星，它是地球的废弃矿井，现已成为一座关押犯人的太空监狱。目前受管制的有25个双染色体凶犯，他们以霍士为首领，因有共同信仰的神才未闹事。然而，雷普莉的到来让犯人们产生了骚动。当一人被神秘杀害后，管理人员认为是犯人内部出事，但雷普莉却有不祥预感。她从飞船拿回电脑芯板，找回了主教，通过主教的程序了解到飞行记录。原来，是异形的侵入导致飞船出事，且现在它跟着低温舱来到了复仇女神161号上。管理人员并不相信雷普莉所说的异形之事，但恐惧很快变成现实，异形已经长成，开始四处出没、随意杀人。而在施行精神管制的监狱里，没有一件武器能对付异形，很快一半以上的人遇害。雷普莉感觉身体不适，经电脑生物测试，可怕的事情发生了：她体内还有一只雌性异形正在成长。公司收到报告后派人前来，这让雷普莉更加紧张。她最终说服众人不要消极等待公司来人，因为公司只想要异形，而非其他人的安全。在付出巨大牺牲后，异形在高温冷却后被炸成碎片。面对赶到的派遣队，雷普莉没有落入阴谋。她抓住破体而出的异形，投入高温熔炉，与异形同归于尽。