1999年，一颗坠落地球的巨大陨石夺走了整个海洋。与此同时，外星生物WORM开始在世界各地繁衍。为了对抗瞬间占领大片区域的WORM，人类成立了对抗WORM的组织ZECT。ZECT开发出假面骑士系统，投入战场与WORM激烈战斗，时光在这场战争中悄然流逝了七年。 2006年，在这个沙漠化的地球上，部分ZECT成员因不满组织的束缚，结成了独立团体NEO ZECT，而ZECT也开始对这些背叛者进行肃清。就在此时，天道总司，也就是假面骑士KABUTO的出现，让战局发生了巨大变化。 ZECT总部得知有一颗巨型冰块彗星正在接近地球，于是提出了“天空之梯子计划”，在大气层的太空站设置巨型CLOCK UP机器，制造转移空间将彗星拉向地球，以制造出大量水源。通过这个计划，ZECT的权力将愈发庞大，足以支配地球。ZECT利用连接地球和宇宙的轨道电梯发动“天空之梯子计划”，而...