“反转世界”是存在于这个世界内部、如镜子般神奇的世界。这个美丽且规则有序的世界，是骑拉帝纳栖息的特殊空间。然而，帝牙卢卡和帕路奇犽的战斗致使时空扭曲，“反转世界”也因此完全被阴霾所笼罩。骑拉帝纳因自己的世界被污染而愤怒不已，它找到了帝牙卢卡，试图将其拖入反转世界。 在“现实世界”中，正在继续旅行的小智和皮卡丘一行面前，出现了一只小小的、几乎难以察觉的精灵。它就是有“花媚”之称的感谢神奇宝贝洁咪。被卷入帝牙卢卡和骑拉帝纳战斗的洁咪，在千钧一发之际从反转世界逃脱出来。小智一行带着精疲力竭的洁咪前往神奇宝贝中心。 洁咪通过心电感应，把小智一行带到了它的“葛拉西蒂亚花田”，并告知他们这“葛拉西蒂亚花”中隐藏着巨大的秘密。就在小智等人准备离开神奇宝贝中心时，遇到了前来捕捉洁咪的火箭队。与此同时，神奇宝贝中心外装饰品的镜面上出现了“次元旋涡”，将火箭队、洁咪连……