在未来世界，人类首次与外星生命体伽米拉斯建立了沟通，然而对方却展现出强烈的敌意，并向地球发起了猛烈攻击。在第二次火星星际大战后，地球人虽艰难取得胜利，但伽米拉斯以冥王星为据点，不断向地球发射流星爆弹。历经长达八年的破坏，如今地球已沦为荒芜且充满辐射和毒气的红色死亡星球，人类濒临灭亡。在这危急关头，“大和计划”秘密启动。2199年，地球人在位于麦哲伦星云的伊斯坎达尔星人的协助下，掌握了时间翘曲这一先进技术，并将其应用于地球最后的希望——宇宙战舰大和号上。在冲田司令的带领下，古代进、岛大介、森雪等满怀热血的地球战士登上大和号，向着宇宙深处进发……