“超能力开发研究所”突遭无数不明生命体攻击，研究所几乎被破坏得面目全非。混乱中，原本在研究所接受实验的超能力者小雷（10岁）和纱绫香（12岁）趁机逃脱。数月后，不明生命体再次发动攻击，这次的目标竟是纱绫香。翔一得知消息后，立刻变身为假面骑士颚门，与G3 - X一同前去救援。这时，G4突然现身，它的出现让众人十分惊讶。原来两个月前，G4的蓝图被盗，它威力强大，但穿戴者往往难以承受其力量而丧命。究竟是谁偷走G4蓝图并将其制造出来？不明生命体的攻击又源自何处？假面骑士颚门、G3 - X、G4与不明生命体之间的战争一触即发！