幕末时期，维新派在传奇刽子手拔刀斋绯村剑心（凉风真世 配音）引退后，挑选出同样剑术高超的志志雄真实（池田政典 配音）继续执行暗杀任务。维新即将胜利时，新政府为掩盖不可告人的秘密，密谋杀害志志雄。全身重度烧伤的志志雄竟从鬼门关生还，怀着满腔仇恨制定了“京都破坏计划”，其手下网罗了四乃森苍紫、濑田宗次郎、宇水、张等众多高手。与此同时，剑心、京都御庭番众、斋藤、比谷清十郎纷纷行动，朝着京都进发。一场决定历史命运的大战即将打响…… 本片改编自和月伸宏的同名漫画。