在银座4丁目，旧日本军特殊部队“透明人特攻队”幸存者轧死的尸体与遗书一同被发现。从遗书中能看出，至少还有一名透明人幸存者。此后不久，自称“透明人”的帮派集团不断制造强盗事件。 另一边，在酒馆“黑船”当Sandwitchman小丑的南条，和同公寓的盲人少女玛利亚约定一起去买《金发的珍妮》八音盒。新闻记者小松自首次自杀后，就一直在调查透明人相关情况，他留意到了去过遭袭宝石店的南条。小松进入南条房间后，见到了惊人一幕——南条总穿小丑服的原因是，他也是透明人。 南条和小松决定联手，誓要查明那个玷污自己名誉、利用麻里祖父并最终将其杀害的黑帮集团的真面目。然而，两人调查后发现，暴力事件的幕后黑手竟藏在“黑船”之中。