天上突然降下处于恐慌状态的アンノーン，即便被问到“从哪里来的”，它也只回答“闪闪发光的地方”，其他一概不知。在知晓同伴所在之处的エネコ的引导下，众人前往的地方竟是一条死胡同般的地下水路。而且，当试着按下墙壁上奇怪柱子的谜题机关时，大家突然被一股神秘的光吸了进去。等回过神来，发现这里是一个非常神奇的地方，天空中有漂浮着的石头迷宫，宝可梦还会变大。此外，ニャース它们也追了过来！皮卡丘它们最终能否顺利将アンノーン带到其同伴那里呢？