宇宙怪人纳佐为阻止地球人探索太空，计划用伊卡洛斯惑星撞击地球。联合国秘密机关珍珠研究所的成员观测到伊卡洛斯惑星轨道异常，便着手制造超破坏光线炮来摧毁它。就在超破坏光线炮即将完工时，负责寻找制造光线炮特殊镜片原石的小队发出求救信号。 研究所成员依据信号来到探索小队出事地点，没想到这里竟是再度浮出海面的亚特兰蒂斯大陆。在那里，他们发现探索小队人员全部遇害，随后遭到从海底出现的纳佐之塔攻击，一行人只好逃进一座神殿。 在神殿寻找出路时，研究所成员挖出一副棺材。棺上文字显示，棺内之人叫黄金蝙蝠，他预知一万年后地球会有危机，若用水将他唤醒，他会再次为正义而战。此时，探测器显示棺材内有原石反应。当成员打开棺材，看到的却是一具金色骷髅。 就在这时，神殿已被纳佐的追击……