22世纪末，名为“加米拉斯”的不明外星生物占据火星，不断向地球发射带有强放射性物质的游星炸弹，地球人伤亡惨重，濒临灭绝，只能转入地下生存。危急时刻，人类组建宇宙舰队远征火星，却几乎全军覆没，仅剩大和号成为人类最后的希望。此时，一个神秘装置穿越浩瀚银河坠落在地球，经检测，该装置竟能消除放射性物质。为了向装置的主人——麦哲伦星云伊斯坎达尔星的高智慧生物寻求帮助，人类决定冒险派遣大和号进行此次远征。在火星之战中失去哥哥的原宇宙舰队成员古代进（木村拓哉 饰）应召归队，和一众好友成为见证这一伟大历史时刻的一员。而察觉到人类动向的加米拉斯也发起了一波又一波致命攻击…… 本片改编自松本零士的同名原著。