传说在千年一遇的彗星之夜，愿望将会成真。立志成为优秀神奇宝贝训练师的小智、小遥和小胜，带着皮卡丘开启了新的旅程。为了目睹千年彗星现身的瞬间，他们来到恩斯游乐场，结识了魔术师巴特勒与戴安。在魔术表演期间，小胜听到了一阵微弱的呼唤声。原来是神奇宝贝基拉祈，它在“沉眠之茧”中沉睡了千年，能帮助人类实现愿望。在千年彗星出现的夜晚，若遇到心灵纯真的伙伴，它便会苏醒。巴特勒邀请小胜成为基拉祈的伙伴，基拉祈果真从如万花镜般的光芒中苏醒。 尽管基拉祈只能停留短短七日就会再度消失，但这是小胜首次拥有属于自己的神奇宝贝，他对基拉祈宠爱有加。然而，心怀野心的魔术师巴特勒，知晓基拉祈拥有神奇的力量，便将其抢走，妄图利用它来达成自己的愿望。 巴特勒不轨的愿望究竟是什么？小智和小胜要怎样克服重重困难，成功救出伙伴？小胜与基拉祈又会经历怎样令人痛心的生离死别呢？