在击退加米拉斯的侵略一年后的公元2201年，白色彗星帝国将侵略之手伸向了宇宙中的各个行星。地球已基本完成复兴，城市充满活力，一片和平景象。古代进作为护卫舰舰长，随运输补给船队同行时，偶然接收到了一个来源不明的消息。消息里是一个似在求救的女性声音。曾经的大和号船员们为查明危机真相，让大和号起航。 抵达特雷扎特星的古代等人救出了消息的发送者特雷莎。特雷莎告知，白色彗星帝国正在逐个侵略宇宙中的星球，下一个目标就是地球。 白色彗星帝国逼近地球，以最新锐战舰仙女座号为旗舰的地球舰队全军覆没。大和号向白色彗星的漩涡中心核发射了波动炮。彗星化为火球熊熊燃烧，然而从中竟出现了一座巨大的要塞——都市帝国……