在太古洪荒的宇宙黑暗深处，一道闪光突然划过，宇宙大爆炸（Big Bang）爆发。在光之漩涡中，由保护真理宇（光之守护神）的十二神将所代表的光之一族，与丧魔（黑暗统治神）率领的暗之族之间的战斗打响了。 不久之后，神将们被日益壮大的黑暗势力击败，消失在时空的尽头，世界也和人们的记忆一同陷入混沌。 到了戊辰战争时代，有一位武士在战场上徘徊，他就是ZAN（斩）。ZAN失去了记忆，似乎在逃避着什么，又好像被某种力量引导着进入了大山深处。 突然，仁王门的守将·人亡（贝亚）出现在ZAN面前。ZAN为了保护给自己带路的少女而与贝亚展开战斗，并且听到了被封印在仁王门深处银河瀑布中的黑豹·磐沙的呼唤，从而领悟到了自己的使命。 解除封印后的磐沙告诉ZAN，原来自己和贝亚都是昔日神将的转生。于是，ZAN一行人踏上了超越时空之旅，他们的目标是解救在太古大战中被封印的神将，振兴光之一族。