暑假期间，新体操部的香澄、蛍、麻由、茜为了部活练习前往学校。在学校大门前，香澄发现了一只乌鸦的尸体，这让她十分在意。练习开始后，她们还听到了诡异的乌鸦叫声…… 暑假的最后一天，在这所人气不高的学校校舍里，少女们遭遇了怪现象。无论是体育馆、理科室还是游泳池，这些她们平日里熟悉的地方，此刻却让她们体会到了前所未有的恐怖。这是一部由活跃于电视、写真集等领域的瞩目美少女们集结出演的3话短篇集形式的超恐怖校园恐怖片。该片由凭借《咒音～被诅咒的磁带》等作品受到关注的山口诚导演首次执导的剧场版电影。《恐怖学园～死神少女～》的演员阵容强大，包括出演过舞台剧《美少女战士》的原史奈、《3年B班金八老师》的金田美香、《日テレジェニック2000》的上原まゆみ、获得“2001年富士电视台视觉女王”的浅见れいな等。