在风景优美、气候宜人的王冠市，即将举办神奇宝贝足篮世界杯比赛。届时，大量观众和训练师会涌入此地，整座城市将沉浸在欢乐氛围中。小智（松本梨香 配音）一行人正前往王冠市，途中遇到了神秘的神奇宝贝索罗亚。它不仅能幻化成人类模样，还能通过心电感应与人类交流。 小智与索罗亚一同前行，没想到王冠市竟发生了神奇宝贝暴动事件。雷公、炎帝和水君本是城市的守护神，却莫名向市民发起攻击，城市陷入一片混乱。而这一切的幕后黑手是企业家克林克斯（阵内孝则 配音），他也是索罗亚一直在寻找的同伴。