时间来到2020年，地球人与天顶星人的战斗已结束多年。以瑞克·卡特（Rick Hunter 配音）为首的远征军正在集结，太空堡垒3号（SDF - 3）已经完工，新的时代即将开启。然而，远征军的计划推进得十分艰难，因为要带走地球上几乎所有的武装力量，军队内部对此争议不断。此外，瑞克还面临着个人情感问题。他即将和战争中的伴侣丽莎（Melanie MacQueen 配音）步入婚姻殿堂，与明美的那段爱恋也将就此画上句号。另一方面，由于天顶星人叛变并战败，机器人统治者离开泰洛星前往地球。此时，瑞金特率领的因维舰队入侵泰洛星，目的是寻找生命之花。瑞吉斯对瑞金特的鲁莽行为不满，决定撇开他独自行动，新时代的战争就此拉开了帷幕……本片是《太空堡垒》剧场版第二部。