第一季最后一集，迈克（文特沃斯·米勒 饰）和林肯（多米尼克·珀塞尔 饰）等人跑到黑帮老大阿布鲁奇派来的飞机停泊处，飞行员因安全问题没等他们就离开了。逃脱的囚犯们只能无奈望天，随后各自开始逃亡。 FBI追捕逃犯的资深探员马宏在副总统授权下成为捉捕小组主管，他打算逐个击破逃犯。另一方面，莎拉的父亲因林肯案件被灭口，她开始相信迈克，并从父亲遗物中发现线索；副总统手下凯勒曼去抓林肯的儿子LJ当人质，杀害了LJ一家，不过LJ意外逃脱；一直帮助林肯的律师掌握了越来越多线索……一切阴谋似乎正慢慢被揭开。