《打黑重案组》的故事发生在南方市，当地公安局打黑重案组碰上了一桩棘手案件。在侦破此案的过程中，重案组遭遇了形形色色的阻碍，案件的侦破工作几度陷入停滞。然而，公安局长和干警们并未被困难吓倒，他们不顾自己和家人所承受的痛苦，坚持开展调查，最终查清了案情，成功打掉了南方市的黑恶组织。 2006年初秋，在滨州市，香港乔氏地产公司驻滨州市项目代表郑天京在住所被人谋杀，其尸体当晚被埋进了工地垃圾堆。市公安局长陆啸天（卢奇饰）命令刑警支队重案组长刘英来（祝延平饰）带领重案组成员姚晃（吴樾饰）、依蔓（李依蔓饰）和飞飞（马丁诺饰）赶赴案发现场，展开侦查工作。重案组严格对死者的死亡时间进行保密，发现死者与龙心集团董事长张伟及其部属联系密切。张伟出身于黑社会团伙，掌控着滨州市的黑白两道。 与此同时，被刘英杰逮捕的杀手大脚（李槐龙饰）从服刑地新疆脱逃，潜回滨州市，被老大张伟窝藏起来。大脚对刘英杰怀恨在心，打算将其干掉……重案……