警视厅搜查一课刑警南波阳人（田中直树）每逢案件搜查总是状况不断。某一天，他被搜查一课长五十岚修（武田铁矢）叫去。原来此前南波的母校帝都大学法学系教授曾受托负责《犯罪搜查百年史》的编修，但上头勒令中止制作，让南波去代为道歉。南波嘴里嘟囔着“我不是为了做这种事才当的刑警”，极不情愿地提着伴手礼前往帝都大学。没想到在那里遭遇了意外案件，下任校长候补人选、医学系教授高寺保的尸体在讲台上被发现，而且尸体是从讲台天花上吊下来的，帷幕上还布满了耐人寻味的数字暗号。在这充满谜团的案发现场，出现了一个男人，他饶有兴趣地自言自语：“这个案件大有内幕”。此人正是南波此行要拜见的上知天文下知地理的文科天才、别名“知识巨人”的宇野边叡古（藤木直人）。南波所属的搜查一课立即展开搜查，却在案发现场发现了叡古常用烟斗里的烟草。