这出戏的故事背景设定在中国历史上最为混乱和无奈的时代。黑旗军首领刘永福与故乡昔日的红颜知己方蓉芝重逢，两人一同追忆往昔，感慨颇多，刘永福更是为因自己而给方蓉芝一家带来的巨大灾难而叹息不已。 晚清时期，广西地区河水泛滥成灾，同时洋人肆意横行，官府腐败且无能，百姓生活苦不堪言。在这样的困境下，官逼民反，刘永福和患难兄弟邓阿富毅然加入了广西天地会。他们与天地会花木堂分会堂主莫青衣母子、王堂主等人一道发动了街头武装暴动，然而不幸的是，这次暴动最终失败，刘永福被俘入狱。后来，在广西总兵桂子瑞的间接帮助下，巾帼英雄莫青衣和邓阿富成功将刘永福从刑场救出。 官府对天地会展开了全力剿杀，并进行严密通缉，刘永福等天地会主要成员被迫转移到德州境地。在那里，他们继续严惩恶霸，救济众人，赢得了百姓的衷心拥护。在乡民们的支持下，刘永福组建了属于自己的军队——黑旗军。 训练有素的黑旗军协助吴舵主率领的天地会成员成功攻打了归顺城。但不久后，在桂子瑞统率的大批清兵的围剿下，归顺城最终陷落。刘永福率领部队突出重围，来到了中越边境偏僻山区的安南。从此……