少年羽柴怀揣着成为智勇双全侦探的梦想，某晚在热闹非凡的新宿街头闲逛时，突遭一只机械怪兽袭击，当场昏迷。苏醒后的他立下誓言，定要向怪兽复仇。随后，他与另外四名满腔热血的青少年组成了勇往直前的“新宿少年侦探团”，准备与怪兽展开一场生死对决。然而，他们没想到这仅仅是个开端，很快便陷入了一场更为庞大的阴谋之中……