20世纪80年代，世界各地接连发生怪异事件。宇宙物理学的国际权威御手洗博士，不仅警告有危机即将来临，还在自家地底建立了研究所，并成立了由现代科学精英组成的调查组织——SGM（科学护卫队）。 新闻摄影师镜京太郎在母亲去世后，借住在御手洗博士家中。一天，他遭到神秘人袭击，却被镜中的一片光救下。之后，京太郎从博士那里得知了自己的身世，为了保护地球和平，他成为了异次元世界超人·镜子超人。 片中的敌人被称为“入侵者（Invader）”，是侵略地球的神秘生物。