森林突发大火，当地有两名警官遭到袭击，外星反叛者乔装成老警官的模样混入人群。老警官的儿子比利在三年前的外星绑架事件中与穆德（David Duchovny 大卫·杜楚尼 饰）、斯科莉（Gillian Anderson 吉莲·安德森 饰）结识，他约见这二人，想要寻找失踪的副官。两人经过初步调查，发现副官及其妻子都曾被外星人绑架，由此认定此事和外星反叛者有关。 另一方面，癌人生命垂危，为了找到外星飞船，他将关押在突尼斯监狱的K（Nicholas Lea 尼古拉斯·李 饰）释放。联邦调查局内部对穆德的工作方式不满，调派K来接替X档案的工作。为了保护斯科莉不再被绑架，穆德只能和斯金纳（Mitch Pileggi 饰）私下前往森林展开调查……