村雨良和姐姐在一次旅行时，不幸被暗黑大使率领的组织·巴丹抓获，姐姐惨遭杀害，他则被改造成机器假面骑士·ZX。不过，改造过程中发生意外，良的意识被唤醒，并成功逃脱。得知自己身体被改造后，良满腔愤怒，决心向巴丹复仇。 在追查巴丹的过程中，良结识了其他假面骑士，这才发现像他这样的改造人并非个例。同时，他从假面骑士们那里得知了巴丹的巨大阴谋：利用时空破断系统妄图毁灭世界！为了阻止巴丹的阴谋，十位假面骑士携手展开作战。