在宇宙开拓时代，人类组建了负责为开采宇宙行星资源提供支援的战斗组织[ZAP SPACY]。《超级银河—大怪兽乱斗》围绕[ZAP SPACY]的宇宙运输船船员们展开。由于来自宇宙边境行星波利斯的定期联络突然中断且原因不明，他们更改了原定航行计划，驶向波利斯。当4名队员抵达波利斯后，看到的是行星荒废的惨状。就在他们准备展开调查时，一个巨大身影出现在眼前，竟是此前曾在地球出现、大部分人认为已灭绝的怪兽！与此同时，能够驾驭怪兽的青年——（レイ）零现身。他究竟是什么人？一场激烈到顶点的战斗即将打响！