经历了多次战争的人类，将大量科技封存。怀揣成为乙HiME梦想的少女西弗露·弗兰在列车上遭绑架。黑衣男子布鲁斯·瓦尔斯与仆人莱娜·尤奈妮亚将少女从恐怖分子手中救出。此次解救行动的成功，全仰仗乙HiME的参与。然而，这短暂的和平并未持续太久。恐怖分子正谋划着下一次绑架行动，乙HiME的学校——加尔德罗贝学院也在密切关注西弗露的一举一动。一切皆因西弗露神秘的身世以及她所拥有的未知力量。一直拒绝成为乙HiME的莱娜，不得不直面现实，运用乙HiME的力量终结这一切。