与戈鲁戈姆战斗结束半年后，本应回归的和平被怪魔界克莱西斯帝国打破。克莱西斯帝国的杰克将军试图拉拢南光太郎成为其部下，然而光太郎拒绝了这一要求。于是，杰克将军破坏了他的变身机能，随后将光太郎扔向宇宙。在光太郎即将化为宇宙尘埃之际，神秘的太阳光线照射到他身上，其体内的帝王石也发生了变化。光太郎由此变身为新生的光之王子——“太阳之子”假面骑士 BLACK RX，并开启了与克莱西斯帝国的战斗。