警方为应对未确认生命体开发了G3系统，该系统是依据未确认生命体4号——蒙面超人古迦的力量设计而成。系统的着装员是警员冰川诚，他为人真诚但略显粗犷。与此同时，警方另一部门在荒岛上发现了古代文明并展开解码工作。 当未确认生命体再度现身，连G3都难以抗衡时，神秘的金色蒙面超人亚极陀登场了。这位蒙面超人是失忆青年津上翔一变身而成，起初他因无法控制力量而袭击了G3。 翔一暂时借住在美杉义彦家中，在这里他结识了拥有超能力的风谷真鱼。真鱼帮助翔一四处寻找失去的记忆，期间他们遇到了苇原凉。凉在父亲的遗物中发现一本记事本，里面提到的姓名无人知晓。在探查父亲死因的过程中，凉意外发现自己竟是另一个蒙面超人——矶烙使。由于矶烙使是不完整的亚极陀，凉变身后会出现后遗症。有一次他陷入危险，幸得因超古代文明遗传因子诞生的青年相救。此后，陆续出现的未确认生命体都被翔一、凉和诚成功击败。 后来，凉误会女朋友是被亚极陀……