在21世纪日本的“平成”年号二十几年间，延续着自江户时代起的德川幕府统治，第25代将军德川庆康治下的日本正值盛世。在距离首都百公里的圣峰富士山山麓，有一座名为“武应学园”的巨大学园。由德川家主导的学生会在此开展针对反抗的丰臣派的“丰臣狩猎”行动，在学园里引发了巨大波澜。就读于“武应学园”且担任柳生道场代理教练的柳生宗朗，对学生会的“丰臣狩猎”行动心存疑虑。他在道场独自练习时，一名全身赤裸、携带着大小两把日本刀的少女从道场屋顶破顶而降。少女自称柳生十兵卫三严，她以华丽剑术击退了带领风纪委员会前来的服部半藏。此后，一群有着历史上著名武将之名的少女们也陆续出现在宗朗面前……