《光明之心》的故事开启于某一日，男主角里克在温达利亚岛的海岸边发现了神秘少女辉夜。之后发现她失去了记忆与感情，通过和岛上居民进行心灵交流，辉夜逐渐找回了感情。与此同时，原本宁静和平的温达利亚岛涌来了大批海贼，原来这些海贼都觊觎辉夜颈上佩戴的灵石。为了帮辉夜找回记忆和感情，也为了让温达利亚岛再度恢复和平，同样因某种缘由漂流到温达利亚岛、在岛上魔法面包屋工作生活的里克，决定和同样在面包屋工作的三位女主角蕾丽丝、艾亚丽及亚米露一同踏上冒险之旅。