本季剧情承接上一季，穆德之前受了骗，在及时察觉错误后，他和史考莉联手欺骗政府高层，从而得以潜入一个“普通FBI特别探员无权进入的地方”去搜集所需资料。本季剧情愈发精彩，部分未被完全改造的混血外星人联合起来抵制殖民阴谋。史考莉曾被绑架，子宫被摘除，但今年却出现了她的孩子——艾蜜莉。今年制作团队邀请了两位知名科幻小说家撰写两集剧本，此外还有一集喜剧。为配合电影上映，《X档案》加入了一些角色和内容，“辛迪加”组织的阴谋愈发明显，穆德再次接近事实真相。穆德前女友的出现也对他和史考莉的关系构成了重大考验。本季以吸烟人烧毁所有X档案卷宗收尾。