第三季故事始于第二独立团抵达查尔斯顿七个月之后。在此期间，查尔斯顿被指定为“新美利坚合众国”的首都，Tom Mason 被推选为政治领袖（相当于总统）。不过他大部分时间并非待在办公室处理政务，而是率领军队顽强抵御外星入侵者的一次次进攻。和前任 Manchester 博士相比，Tom 在对待外星人的态度上更具侵略性且更主动。查尔斯顿政府与起义的“突击者”结成了不太稳固的联盟关系，Tom 让“突击者”起义军留在查尔斯顿与人类并肩作战，但这引发了一些人类的不满，两个种族的关系持续紧张。“突击者”起义军在战斗前总会把脸涂满红黄相间的条纹，以纪念在第二季结尾英勇牺牲的领袖“红眼”。Tom 的儿子 Ben 如今是查尔斯顿政府与“突击者”起义军之间的联络人。无论人类还是“突击者”都清楚，即便联手也很难战胜强大的敌人——此前被第二独立团戏称为“鱼头”的外星种族 Espheni。