第一季结尾，Jaha自愿留在太空，换来了方舟部分人成功降落到地球的喜讯。然而，百子们在成功引爆驻地击退地表人后，被抓进了气象山的隔离区……Bellamy和Finn在与地表人的打斗中下落不明。本季故事便围绕气象山、原方舟人和其他地球人展开。