经过十多年漫长且死伤惨重的血战，双方停火，Cylons 离开殖民地去建立自己的家园。40 年的和平让人类放松了警惕，Cylons 制造了与人类外形毫无二致的机器人作为间谍渗透进人类世界，瘫痪了人类的防御系统，摧毁了 Battlestar 舰队，并用核武器将殖民地的城市化为灰烬。Battlestar Galactica 是唯一一艘幸存的航母，在舰长 Adama 的指挥下，它带领着几十艘各类民船和近 5 万名人类仅存的幸存者，逃离了殖民地星系，踏上了寻找人类第 13 个殖民地——地球——的旅程。在第二季结尾，Cylons 占领了人类的新殖民地 New Caprica，人类的命运将会如何呢？