故事发生在诚教学园初中部，这所学校历史悠久，校园里流传着许多不思议事件。一天，少年新谷真一在如迷宫般的校舍中迷失了方向。夕阳下，一个黑发少女的身影出现在他眼前。少女身着真一从未见过的古老校服，眼神空洞且满是哀怨。难道自己遇见幽灵了？真一兴奋地这么想着。原来，幽灵少女叫庚夕子，她15岁时不幸离世，因失去记忆，想不起自己是怎么死的，为此苦恼的夕子每日在校园里徘徊，成了众多灵异事件的源头。真一是唯一能看见夕子的人，于是他成了寻找夕子记忆的首要人选，“灵异调查部”社团也由此成立。