远古时期，邪恶的“大蛇”妄图毁灭世界，促使两位救世巫女应运而生。这两位巫女不断轮回转世，相遇后携手将大蛇封印。如今，身为“日之巫女”转世的普通高中生来栖川姬子，与“月之巫女”转世姬宫千歌音，为了再度封印大蛇，必须设法召唤传说中的剑神“天之丛云”。大蛇的八个仆人代表着人性的八个黑暗面，他们为阻止二人召唤“天之丛云”，多次发动袭击。而原本位列大蛇仆人顺序第七的大神相马，因暗恋姬子，背叛了大蛇，多次拯救她们，却也由此引发了新的风波。不断轮回的两人，命运紧紧相连，这便是身为“神无月之巫女”的宿命。