因偷税事件，原本身处精英组的百合根友久（冈田将生 饰）被调至早期成立的科学搜查班（ST）担任指挥官。此前合作中，百合根虽始终无法完全认同青山翔（志田未来 饰）、结城翠（芦名星 饰）、黑崎勇治（漥田正孝 饰）、山吹才藏（三宅弘城 饰）以及ST实际领导者赤城左门（藤原龙也 饰）这些人的行事风格，但也被他们极度专业且与周遭格格不入的气质所打动。百合根一方面期待早日回归搜查一课，另一方面又想多守护ST众人一段时间。随着作为后盾的三枝警官（渡部笃郎 饰）离开，ST迎来新任监查松户紫织（濑户朝香 饰），ST面临生死存亡的考验。赤门逐渐走出家门，而百合根则成为遏制这头“怪物”必不可少的关键人物…… 本片改编自今野敏的原作。