《银河铁道物语OVA：被遗忘时间的行星》的故事发生在银河铁道为保护自身与星团帝国激战的一年后，银河铁道的轨道上突然频繁出现神秘幻觉现象，像是并不存在的街道、原始森林，甚至还有美丽的大海。这让银河铁道管理局陷入了前所未有的恐慌。故事主人公有纪学20岁，他继承已故父亲和兄长的遗志，加入了守护银河铁路安全的空间铁路警备队（通称“SDF”）。SDF负责在宇宙中维护银河铁路的运行秩序，处理各交通线路发生的事故、自然灾害，开展急救救援以及讨伐宇宙海盗等工作。有纪学在这个过程中与谜样美女蕾拉相遇，蕾拉拥有预见人和生物、行星命运的能力，她因帮助铁道站的旅行者们，被称为命运的守护者。然而，威胁银河铁道的最大危机即将来临，有纪的命运又会怎样呢？