健一和海伦的父亲都是海洋学者，他们与父亲一同目击了神秘飞行物体坠入海中的场景。四人乘坐小船前往事发地点，却突然被海中射出的光线笼罩，被带往了一个陌生之地，原来那是一艘宇宙飞船内部。出现的女性自称是吉古拉星人，为证明自己种族卓越的科学能力，她在众人面前引发了一场震级达13级的大地震，东京陷入了前所未有的大灾难之中。吉古拉星人借此要求人类投降。据其所言，生活在海洋的吉古拉星人因自己星球的海洋被污染，所以在宇宙中寻找有美丽海洋的星球作为移居地，最终发现了距离他们480光年的地球。吉古拉星人不仅妄图占领地球的海洋，还打算将人类作为食物。孩子们成功从宇宙飞船逃脱，但自称吉古拉星人的女性也追着他们登上了陆地。与此同时，遭受加美拉火焰攻击的宇宙飞船发生爆炸，仿佛在海中飞行一般……