2002 年《X 档案》播出六年后，前联邦探员丹娜·斯科莉（吉莲·安德森 Gillian Anderson 饰）调到一家教会医院当医师，福克斯·穆德（大卫·杜楚尼 David Duchovny 饰）过着隐居生活，仍在关注超自然现象。一天，FBI 探员找上门请求他们帮忙。原来在一段时间里，维吉尼亚州有好几名女子神秘失踪，其中还有一名联邦探员。因为神父约瑟夫（Billy Connolly 饰）称看到了犯罪画面，所以 FBI 希望对超自然案件经验丰富的穆德和斯科莉协助调查。但随着调查深入，穆德和斯科莉发现案件的黑暗程度远超想象。这对合作多年的搭档面临着巨大考验……本片是同名美剧的第二部剧场版。