这部作品是为纪念1996年开启连载的《游戏王》系列漫画二十周年而推出的动画电影。武藤游戏历经重重试炼，与体内另一人格“暗游戏”展开最终对决并取胜，二人正式告别后各奔前程。一段时间后，游戏等人回归平凡生活，此时，一个自称蓝神的神秘少年出现在他们面前。而将暗游戏视作劲敌的海马濑人，在暗游戏消失之处发掘出“千年积木”，打算重新完成它，企图让暗游戏再度复活。