故事发生在被选召的孩子们初次踏入数码世界的6年后。2005年的某天清晨，东京港区海面上的波浪在朝阳下泛起粼粼波光……17岁的高中生八神太一像往常一样，伸手按下眼前作响的闹钟，一脚踢开凌乱的被子，嘴里嘟囔着伸了个懒腰。他拉开窗帘，阳光洒在桌上那张记录着“那一天”的集体照上。随后，在“一路顺风，哥哥”的送别声中，他骑上自行车出门，朝着初夏湛蓝的天空疾驰而去……如今，冒险再度升级……