圣诞之夜，在卡森共和国水企业和哈里曼达拉公司签订协议的大厦门外，大批群众纷纷声讨抗议。就在这时，负责护卫的警察机动部队突然拔枪，对示威群众进行无差别屠杀。这起血腥恐怖事件的背后，神秘病毒“火种”若有若无地显现。在与不明敌人的对抗中，草薙素子和独立机动部队的伙伴们救下了全身义体的少女津田艾玛，她身上似乎暗藏着利用虚拟记忆实施恐怖活动的情况。公安9课课长荒卷大辅拒绝把她交给陆军情报部穗积上校，而是命令草薙护送艾玛前往501机关接受调查。草薙在少女身上不仅察觉到两个灵魂的存在，还触及到了被官方、军方刻意隐瞒的悲惨真相…… 本片改编自士郎正宗的原作，是攻壳机动队前传“ARISE”的第四部。