蚂蚁男孩佩尔的人气比以往任何时候都高，他击败了仇敌“跳蚤”，如今跳蚤被关在了一家研究所的监狱里。佩尔已经13岁了，也适应了超级英雄的身份。理想情况下，佩尔希望搭档艾达成为他的女友，然而现实很复杂。学校里有个独来独往的小男孩成了意想不到的竞争对手，他不仅阻止艾达接近佩尔，还是个比跳蚤更厉害的对手。更糟糕的是，佩尔渐渐发觉自己被控制了。此时，他又遭遇了一个新的、更强大的敌人，这个敌人会隐身，行踪难测，常让他陷入困境。与此同时，一个超级大反派宣称即将到来，佩尔面临着前所未有的挑战。